Yonaguni nằm cách bờ biển phía đông Đài Loan 125 km và ở tận cùng của chuỗi quần đảo Ryukyu, nó nằm giữa biển Đông Trung Quốc và Thái Bình Dương.

Đảo có diện tích 28,88 km2 với dân số khoảng 1700, nhiệt độ trung bình hàng năm 23,9 °C, và lượng mưa trung bình năm 3000 mm. Tất cả các đảo đều là đô thị thuộc Yonaguni, Yaeyama Gun, Okinawa vào gồm 3 đô thị: Sonai, Kubura và Higawa. Nó được sáp nhập vào hoàng gia Ryūkyū vào năm 1610.

Yonaguni, có điểm đặc biệt là Cape Irizaki 24°26′58″B 122°56′1″Đ / 24,44944°B 122,93361°Đ / 24.44944; 122.93361 (Yonaguni (West)) ở phía tây của đảo, và là điểm cực Tây của Nhật Bản. Người Đài Loan nói rằng có thể nhìn thấy Irizaki trong ngày trời trong.